Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga SD. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan ke universitas terkemuka di Amerika, meskipun pencapaian sekolah menengahnya yang tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek Presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, menyebabkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh layanan intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Terutama, selama masa ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.