Intensitas serangan Borneo semakin meningkat di babak kedua, dengan Terens Puhiri dan Stefano Lilipaly mendapatkan dua peluang. Namun, kiper Persebaya, Andhika, berhasil mementahkan kedua peluang tersebut.
Persebaya justru unggul lebih dulu di menit 85 dengan gol dari Toni Firmansyah, yang berhasil menyambar bola liar dengan tendangan voli ke pojok gawang Borneo FC.
Meskipun demikian, Borneo terus menyerang dan akhirnya berhasil menyamakan skor di menit 90+2 melalui gol bunuh diri Kasim Botan. Namun, gol tersebut memicu keributan di lapangan dan Paulo Henrique dari Persebaya akhirnya mendapat kartu merah.
Borneo FC semakin percaya diri dan akhirnya berhasil membalikkan kedudukan menjadi 2-1 di menit delapan injury time melalui gol dari Iksan Zikrak yang menuntaskan umpan dari Silverio Silva. Hasil akhir pertandingan pun dimenangkan oleh Borneo FC.