Musim hujan sering kali membawa banjir kepada warga Jakarta, dengan salah satu sumber masalah utamanya berasal dari sungai yang membagi kota, yaitu sungai Ciliwung. Faktor-faktor seperti hujan lokal, air dari hulu sungai, penurunan permukaan tanah, dan rob dari laut menyebabkan sungai sepanjang 119 kilometer tersebut mengancam wilayah Jakarta hingga hampir setengahnya. Menurut Pengamat Tata Kota dari Universitas Trisakti, Yayat Supriatna, banjir di Jakarta memiliki tiga pengaruh utama, dengan Ciliwung memegang peran sentral yang sangat signifikan dalam mengendalikan banjir di wilayah tersebut.
Ciliwung menjadi sungai utama yang membelah Jakarta dari selatan ke utara, dan dari 13 sungai lain yang mengalir di Jakarta, Ciliwung menempati posisi paling penting dalam mengatur aliran banjir di ibu kota. Gangguan pada Sungai Ciliwung dapat berpotensi mempengaruhi sekitar 40% wilayah Jakarta yang terhubung ke koridor aliran sungai tersebut, sehingga banjir di wilayah tersebut dapat dipicu oleh gangguan pada sungai tersebut. Hujan deras dengan intensitas tinggi yang sering terjadi dapat menyebabkan banjir di beberapa wilayah di Jabodetabek, seperti yang terjadi pada Selasa, 13 Mei 2025, di beberapa wilayah di Jakarta yang terendam banjir sejak malam hingga dini hari.